De 1995 à 2001, Ministère chargé de l’environnement et ADEME ont choisi de lancer des APRs pluridisciplinaires et plurithématiques (exposition aux polluants atmosphériques et ses déterminants, effets de la pollution sur la santé humaine, les écosystèmes et les matériaux du patrimoine bâti, mise en place et évaluation des politiques publiques,…) afin de constituer une communauté de chercheurs complémentaires autour des enjeux de qualité de l'air.
De 2002 à 2019, le programme PRIMEQUAL s’est orienté vers des APRs toujours pluridisciplinaires mais cette fois ciblés sur une thématique spécifique (pollution de l'air intérieur, chauffage individuel au bois, pollution urbaine, agriculture et pollution de l'air...) afin d'approfondir les connaissances sur les enjeux de la thématique retenue, et d'apporter des clés aux acteurs et décideurs souhaitant développer des solutions d'amélioration pertinentes et efficaces.
PRIMEQUAL a lancé son dernier APR en 2019.